Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya berawal dari kerinduan dari para pendirinya untuk mewujudkan lulusan-lulusan yang memiliki hati hamba, memiliki karakter Kristus, berkompetensi, dan berdedikasi tinggi. Para pendiri Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya juga ingin agar sekolah ini dapat menjadi wadah bagi para hamba-hamba Tuhan yang ingin diperlengkapi lebih lagi dalam pelayanan, bukan hanya dengan teori tapi juga dengan karakter Kristus dan menjadi terang bagi kemuliaan Tuhan dimanapun mereka berada.

Program Studi yang pertama kali dimiliki oleh Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya adalah  S-1 Teologi yang dimulai pada Agustus 2009. Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya mulai berkembang dan diakui oleh negara dan dibuktikan dengan diperolehnya akreditasi dari Kemeteriaan Agama untuk program studi S-1 Teologi pada tahun 2011. Program Studi S-1 Teologi pertama kali meluluskan 45 orang sarjana pada September 2012. Selanjutnya program studi S-1 Teologi Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya memperoleh akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi atau lebih dikenal dengan BAN-PT pada tahun 2014.

Satu tahun setelah program studi S-1 Teologi dibuka, Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya membuka program studi
S-1 Pendidikan Agama Kristen dan terakreditasi oleh Kementerian Agama pada tahun 2012 dan terakreditasi oleh BAN-PT pada tahun 2015. Setelah itu, karena tingginya permintaan dari para alumni, Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya mulai membuka program magister dan doktoral. Hingga akhirnya sampai sekarang Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya sudah memiliki lima program studi yaitu S-1 Teologi, S-1 Pendidikan Agama Kristen, S-2 Teologi, S-2 Pendidikan Agama Kristen, dan S-3 Teologi.

Seluruh S1 sekarang sudah terakreditasi secara Nasional di Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Sekolah Tinggi Teologi Parakletos Surabaya terus berusaha agar lulusan-lulusan  S2 hingga S3 diakui secara nasional, melalui Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi ( BAN-PT).